Desde el anuncio de la obra del Tren México-Querétaro el proyecto ha sufrido varias modificaciones en su costo total, todas con tendencia hacia el incremento del precio.
Con poco más de 125 mil millones de pesos de inversión en su inicio el proyecto incrementó a 144 mil millones para después subir a 167 638 millones de pesos.
El costo total acumulado registrado ante la SHCP se elevó de los 125,400 millones de pesos iniciales a 167,638 millones de pesos, lo que representa un incremento de más de 42,200 millones de pesos (+33.7%) respecto al análisis costo-beneficio base de la cartera de inversión, este aumento se dio entre 2025 y 1S del 2026.
Sin embargo, recientemente se actualizó el costo total a 265 mil 338 millones 743 mil 281 pesos, según las cifras de la Secretaría de Hacienda.
Las obras complementarias, libramientos y pasos a desnivel son las obras que han hecho que el costo del proyecto se incremente más del 50% del costo inicial.
El proyecto original se contempló primordialmente sobre el derecho de vía histórico. Sin embargo, la inclusión de viaductos elevados, pasos vehiculares a desnivel, puentes peatonales y accesos zonales en zonas urbanas densas, como la entrada a la ciudad de Querétaro y San Juan del Río, elevó los costos de obra civil.
La segunda causa del encarecimiento de la obra es el pago del Derecho de Vía. Datos oficiales detallan que se tienen un 80% de avance en la liberación del Derecho de Vía, es decir unos 8,725,155 m² liberados, que corresponde a 48% derecho de vía histórico, 38% propiedad social y 14% propiedad privada y 1,148 predios liberados.
Según la SICT en Querétaro se han gastado poco más de 10 mil millones de pesos en el pago de derecho de vía.
Si bien el trazado aprovecha tramos que ya tenían vías, la implementación de tecnología de punta en señalización, sistemas de control de tráfico y estaciones intermodales en nodos como Buenavista, Tula y Querétaro, ha disparado el presupuesto por encima de las estimaciones originales.
Finalmente la inflación ha tenido que ver en el incremento del precio del Tren, ya que en materiales de construcción como el balasto, acero de alta resistencia para rieles y concreto para viaductos, obligó a reajustar los presupuestos que la SHCP utilizaba como referencia inicial.
